Objetivando cumprir a sua missão, o Museu deverá planejar e executar três programas estruturantes, abrangendo as suas principais áreas de atuação: (1) a pesquisa sobre a biodiversidade da Mata Atlântica, (2) a educação e difusão do conhecimento relacionado à sua história e área de pesquisa e (3) a formação de recursos humanos especializados.

Programa de pesquisa em biodiversidade do Corredor Central da Mata Atlântica

O Programa de Pesquisa em Biodiversidade – PPBio do MCT está em consonância com os princípios da Convenção sobre Diversidade Biológica e com as Diretrizes da Política Nacional de Biodiversidade. O Programa foi oficializado pelo MCT com quatro objetivos específicos: I – apoio à implantação e manutenção de redes de inventário da Biota; II – apoio à manutenção, ampliação e informatização de acervos biológicos do País (coleções ex situ); III – apoio à pesquisa e desenvolvimento em áreas temáticas da biodiversidade; IV – desenvolvimento de ações estratégicas para políticas de pesquisa em biodiversidade.

A abrangência do Programa é nacional, e em sua fase inicial está impulsionando as atividades na Amazônia, por intermédio do Museu Paraense Emílio Goeldi e Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, e no Semi-árido, por intermédio do Instituto Nacional do Semi-Árido. Na Mata Atlântica o PPBio está sendo implementado pelo Jardim Botânico do Rio de Janeiro.

O Programa atua com apoio direto de institutos de pesquisa e universidades, designados para exercerem a função de Núcleos Executores do PPBio. A transferência do MBML para o MCT o coloca como candidato natural a ser um dos executores do PPBio e, por sua localização estratégica, poderá desenvolver um programa voltado para a região do Corredor Central da Mata Atlântica (CCMA).

O CCMA representa uma das duas regiões prioritárias definidas pelo Programa-Piloto para a Proteção das Florestas Tropicais do Brasil. Esta região, que se estende por todo o estado do Espírito Santo e pela porção sul da Bahia, possui mais de 8,5 milhões de hectares, englobando várias fisionomias de floresta ombrófila, além de florestas semideciduais, restingas e manguezais. O Corredor Central da Mata Atlântica apresenta extrema riqueza biológica e abriga muitas espécies de distribuição restrita e ameaçadas de extinção. A região entre os estados da Bahia e do Espírito Santo destaca-se, ainda, pela presença de diversos táxons tipicamente amazônicos, associados à costa atlântica.